真菌(Fungus)是一種真核生物。最常見的真菌是各類蕈類,另外真菌也包括霉菌和酵母。現在已經發現了七萬多種真菌,估計只是所有存在的一小半。大多真菌原先被分為動物或植物。
目前,真菌在分類學上已獨立為界,與動物界、植物界、原核生物界和原生生物界平行。真菌具有堅固的細胞壁和真正的細胞核,不含葉綠素,是異養性的,以寄生或腐生方式生存,典型者兼有有性生殖和無性生殖,產生各種形態的孢子。根據生長特性與形態差異,可將真菌簡單分為酵母、真菌和蕈(蘑菇)。其中對人類有致病性的真菌約有300多個種類。除新型隱球菌和蕈外,醫學上有意義的致病性真菌幾乎都是霉菌。根據侵犯人體部位的不同,臨床上將致病真菌分為淺部真菌和深部真菌。真菌性腸炎即屬于深部真菌病。淺部真菌(癬菌)僅侵犯皮膚、毛發和指(趾)甲,而深部真菌能侵犯人體皮膚、黏膜 、深部組織和內臟,甚至引起全身播散性感染。深部真菌感染腸道即表現為真菌性腸炎,可獨立存在;如嬰兒念珠菌腸炎,或為全身性真菌感染的表現之一,如艾滋病并發播散性組織胞漿菌病。